Trong suốt thời kỳ cai trị của Nhật Bản, Văn phòng tổng đốc vẫn là cơ quan trung ương thực tế tại Đài Loan. Xây dựng và phát triển chính sách của chính phủ chủ yếu là vai trò của bộ máy quan liêu trung ương hoặc địa phương.

Trong 50 năm cai trị của Nhật Bản từ năm 1895 đến năm 1945, Tokyo đã phái mười chín tổng đốc đến Đài Loan. Trung bình, một tổng đốc phục vụ khoảng 2,5 năm. Toàn bộ thời kỳ thuộc địa có thể được chia thành ba thời kỳ dựa trên nền tảng của Toàn quyền: thời kỳ quân sự sớm, thời kỳ dân sự và thời kỳ quân sự sau này.

Toàn quyền từ thời kỳ đầu quân sự bao gồm Kabayama Sukenori, Katsura Tarō, Nogi Maresuke, Kodama Gentarō, Sakuma Samata, Ando Sadami và Akashi Motojiro. Hai trong số các Toàn quyền trước năm 1919, Nogi Maresuke và Kodama Gentarō, nổi tiếng trong Chiến tranh Nga-Nhật. Andō Sadami và Akashi Motojirō thường được thừa nhận là đã làm hết sức vì lợi ích của Đài Loan trong các nhiệm kỳ của họ, với Akashi Motojirō thực sự yêu cầu ông sẽ được chôn cất tại Đài Loan.

Thời kỳ dân sự xảy ra ở khoảng thời gian tương tự như chế độ dân chủ Taishō tại Nhật Bản, thống đốc Tổng từ giai đoạn này chủ yếu được đề cử bởi các hội Nhật Bản và bao gồm Den Kenjiro, Uchida Kakichi, Izawa Takio, Kamiyama Mitsunoshin, Kawamura Takeji, Ishizuka Eizo, Ota Masahiro, Minami Hiroshi và Nakagawa Kenzou. Trong các nhiệm kỳ của mình, Chính quyền Thuộc địa dành phần lớn nguồn lực cho phát triển kinh tế và xã hội thay vì đàn áp quân sự.

Toàn quyền thời kỳ Quân đội sau này tập trung chủ yếu vào việc hỗ trợ nỗ lực chiến tranh của Nhật Bản và bao gồm Seizō Kobayashi, Kiyoshi Hasegawa và Rikichi Ando.

Danh sách tổng đốc

1. Kabayama Sukenori (1895–96)
2. Katsura Tarō (1896)
3. Nogi Maresuke (1896–98)
4. Kodama Gentarō (1898–1906)
5. Sakuma Samata (1906–15)
6. Andō Sadami (1915–18)
7. Akashi Motojiro (1918–19)
8. Den Kenjirō (1919–23)
9. Uchida Kakichi (1923–24)
10. Izawa Takio (1924–26)
11. Kamiyama Mitsunoshin (1926–28)
12. Kawamura Takeji (1928–29)
13. Ishizuka Eizo (1929–31)
14. Ota Masahiro (1931–32)
15. Hiroshi Minami (1932)
16. Kenzo Nakagawa (1932–36)
17. Seizo Kobayashi (1936–40)
18. Kiyoshi Hasegawa (1940–44)
19. Rikichi Andō (1944–45)